Homöopathische Medikamente sind grundsätzlich dem Arzneimittelgesetz unterworfen, d. h. sie werden analytisch geprüft, schädliche Wirkungen werden ausgeschlossen, und die Herstellung nach einem vorgeschriebenen pharmazeutischen Verfahren (in diesem Fall das Hahnemannsche Verfahren) muss gesichert sein.

Mit einigen wenigen Ausnahmen haben sie jedoch eine Sonderstellung, weil sie nicht zugelassen, sondern nur registriert werden. Die Indikationen dürfen nicht vorher festgelegt und in der Packungsbeilage angegeben werden, da sie individuell vom Arzt bei der Anwendung bestimmt werden müssen.

Ausserdem müssen die Arzneien nicht wie allopathische Medikamente auf Wirksamkeit überprüft werden, weil eine einzelne Substanz bei unterschiedlichen Patienten unterschiedliche Wirksamkeiten entfalten kann. Als wissenschaftliches Erkenntnismaterial gilt in diesem Fall die wissenschaftlich aufbereitete Erfahrung, also all das, was durch Hahnemann und seine Nachfolger in umfangreichen Versuchsreihen erprobt und festgehalten wurde.